中西医结合肛肠专业委员会成立于2004年，为最早成立的委员会，历经3次换届改选，目前主任委员为杨关根教授。田建利、王绍臣、沈忠、汪春良、金永军担任副主任委员委。委员会共有委员40人，其中常委11人，秘书1人，另聘有顾问2人。委员会由杭州市第三人民医院、医博肛泰医院杭州市第一人民医院、杭州师范大学附属医院、杭州市红十字会医院等多家医院的中西医结合肛肠专家组成，涵盖了肛肠外科和普外科等多个专业。常委成员均为具有副高及以上职称的业务骨干，并有多人兼任院长，科主任等行政职务，学术影响力较高，在当地颇具有知名度。挂靠单位为杭州市第三人民医院。 肛肠专业委员会在中西医学会的正确领导下，在杨关根主任委员的带领下，坚持每年一次由成员单位举办学术交流会，并聘请国内及省内相关专业著名专家学者前来授课。举办国家级，省级继续教育班10余期，每期参会人数200余人，在学术圈内具有较大影响力；同时组织开展多期新技术新项目学习班，服务基层医院，提升业务水平；并通过开展专家义诊，科普宣传等多种形式的活动，服务于基层，在百姓中具有良好的口碑。

杭州市中西医结合学会结核内科专业委员会成立于2013年6月28日。主任委员为蔡青山，徐金田、鲍志坚、田贤江为副主任委员，崔岩飞担任秘书，聘朱敏、吴琍敏为学会顾问。委员共23人，委员们分别来自杭州市红会

杭州市中西医结合学会内分泌专业委员会现已成立十余年，主任委员为俞娉主任医师，周丹阳主任医师担任顾问委员，牟新主任、金剑虹主任、张秋玲主任、陈军副主任、舒继承副主任、张灵建副主任担任副主委，张霁担任秘书，现有常委7人，委员25人。由杭州市第三人民医院、杭州市红会医院、杭州市第一人民医院、杭州市中医院及临安、淳安、富阳等地多家医院中西医内分泌专家组成。全体成员均具有较高的学术造诣、组织能力及地区影响力，较多委员在医院担任科室主任、副主任等行政职务，目前共用有中共党员17人，民主党党员10人，九三学社成员2人。

中西医结合生殖委员会成立于2015年，主任委员为丁彩飞，由章勤、丁渊、许振、徐惠明、黄向阳、陈望强但任副主任委员委，学会还设有常委16人，委员37人，秘书1人。学会由杭州市红十字会医院，杭州市中医院，桐庐市中医院，余杭区妇保院，萧山区第一人民医院等多家医院的中西医结合生殖专家组成，涵盖了生殖医学科、男科、妇科等多个专业。专业委员会常委成员均具有副高及以上职称，并有多人兼任院长，副院长等行政职务，学术影响力较高，在当地颇具有知名度。挂靠单位为杭州市红十字会医院。

杭州市中西医结合学会重症医学专业委员会成立于2014年8月。方堃主任担任学会主委，龚仕金主任担任学会顾问，唐卫东、王秋雁、郑坚、汤蓓主任担任副主任委员，孙静担任秘书。杭州地区及周边近20余家医院ICU科主任、业务骨干组成的委员会，委员会成员目前有30余人。组织结构合理，严格按照学会章程开展工作。