贯彻落实党和国家的卫生工作方针和中医药政策，认真做好学科建设，开展中西医结合特色义诊，下乡、科普宣传，完成政府部门委派指令性任务并主动承担社会责任。举办“全市性西学中班”，承办“中医中西医结合人员执业医师实践技能培训及考试”。迄今为止，学会已举办全市性十六期西学中班，授课地点有杭州市红十字会医院、杭州市中医院、余杭卫校、建德卫校、富阳学院，以中医基础理论、中医诊断学、中药学、方剂学、中医内科学、医古文、中医妇科、针灸推拿学等为授课内容。
学会积极主办和承办各级学会会议，近年来主办承办国家级、省级、市级继续教育学习班、培训班、论坛、学术沙龙等近20余期，积极发挥学术引领和传播的职能。同时积极响应杭州市科协号召，近三年共申请并举办了杭州市科协重点学术学会活动项目6项，并承接杭州市科协“健康科普基层行”科普活动1项。
于2012年和2016年由学会编撰，浙江科学技术出版社出版《生活中的中医药》及《生活中的中医药2》两本科普读物，2019年,学会与中国中医药出版社携手，出版了《处处有中医》中医药科普书籍，充分发挥了中西医结合科技工作者的桥梁纽带作用，让读者学到了常见的中医药保健知识，又弘扬传播了中医药文化。
